Nach dem Studium der Geographie in München begann Günther Langer seine berufliche Laufbahn als erster Umweltreferent der Stadt Garching bei München. Ab 1991 war er bis 2006 stellvertretender Leiter der strategischen Planungsabteilung des Abfallwirtschaftsbetriebs München (AMW). In dieser Zeit wurde das Münchner Abfallwirtschaftskonzept entwickelt, umgesetzt und fortgeschrieben.
Von 2006 bis 2013 war er stellvertretender Büroleiter im Büro der Referatsleitung des Kommunalreferats tätig und Beauftragter für internationale Zusammenarbeit. Seit 1998 ist er Mitglied der EUROCITIES Working Group on Waste und seit 2012 ist er Vorsitzender der Expertengruppe für europäische Abfallwirtschaft des Verbands kommunaler Unternehmen e. V. (VKU). Seit 2013 leitet er das Büro der Werkleitung des AMW.