Manfred J. Holler studierte Volkswirtschaftslehre an der Ludwig-Maximilians-Universität (LMU) in München (1966-68), Jura an der Université de Lausanne (1968-1969) und wieder Volkswirtschaftslehre (1969-71) und Politikwissenschaften (1972-1975) an der LMU, wo er 1975 promovierte und im November 1984 habilitierte. 1984-1985 vertrat er die Professur für Volkswirtschaftliche Versicherungslehre an der LMU. 1986-1991 war er Associate Professor an der Universität Aarhus, Dänemark. 1991 nahm er den Ruf auf eine ordentliche Professur an der Universität Hamburg an. Im Oktober 2011 wurde er – nach Erreichen der Altersgrenze – pensioniert. Sein Schwerpunkte in Forschung und Lehre war die Mikroökonomik, insbesondere Spieltheorie. Seitdem ist er als Herausgeber und Autor tätig.